组会就该这样开!

来源: 发布时间:2023-02-24 16:50 点击: 字体大小:
  1130日下午,植保院生物信息研究室每周一次的组会在16409例行召开。此次组会由博士生导师周铁军教授与博士生肖传乐(导师罗峰教授)主讲。

  周教授的主题是神经网络及其实现方法。周老师由浅至深依次介绍了神经组织的基本特征、人工神经元的M-P模型、多层前传网络、向后传播算法,比较了多种优化算法的优劣,重点演示了当前人工智能领域最热门的深度学习框架TensorFlow的建模过程及各超参数解释。师生就深度学习在生物信息、农业大数据中的前瞻应用展开了热烈的讨论,初步明确了若干优先应用研究课题。

  博士生肖传乐首先详解了其以第一作者、通讯作者于今年10月在Nature Methods (IF25.06)发表的论文:三代测序数据快速组装新算法MECAT。三代测序的优点是长读长,无需PCR扩增,不会引入GC偏好;缺点是错误率高,基于序列比对寻找重叠区域极为耗时。肖博士创造性地提出了Block数据结构,大幅降低了序列比对耗时:组装华大“炎黄一号”人基因组,现有方法Falcon约需140万核时,MHAP约需212万核时,而MECAT仅需1.2万核时,且MECAT组装质量明显优于参比软件。跟随肖博士的讲解,大家仿佛一起经历了多日苦思无果的郁闷与瞬间灵光咋现的欣喜。

   博士生肖传乐报告  

  时间不经意过了18:30,组会召集人袁哲明教授自费请与会师生18人吃了快餐盒饭,组会继续。肖博士接下来与大家分享了他近期已投Nature Genetics (IF28.0)、初审通过的新论文:中国人DNA-m6A修饰图谱解析。组会一直持续到晚上21:00,大伙仍意犹未尽,纷纷表示:组会就该这样开!

  研究生培养涉及方方面面诸多环节,到底如何实施众说纷纭、殊难取舍。生物信息学科结合自身特点与实践给出了简洁回答: 一是抓目标管理,硕士生应以第一作者(或导师为第一作者、学生为第二作者)、湖南农业大学为第一单位发表或录用一篇SCI论文才能申请毕业论文答辩,未达标者延期毕业;博士生论文发表要求更高。生物信息研究室没有打卡,每位研究生都得自觉合理安排自己的作息时间。二是坚持每周一次的组会,每次2-3名师生主讲,充分讨论;过程中遇有疑问,听者随时打断,即时提出,主讲者或其他听者即时解答。简单高效的管理孕育了颇丰的成果,2018届三名硕士毕业生日前均已发表或录用较高质量SCI论文,提前完成了毕业论文发表要求;继上半年获得湖南省研究生数学建模竞赛一等奖之后,11月份再次斩获全国研究生数学建模竞赛二等奖。  

中场休息,集体吃快餐

  [1] 邢鹏伟,袁哲明(导师). A fast approach to detect genegene synergy. Scientific Reports (IF4.26). 

 

  [2] 张雪丽,李兰芝(导师). Genetic dissection of main and epistatic effects of QTL based on augmented triple test cross design. PLoS One (IF2.81). 

 

  [3] 范彦君,周玮(导师). High-accuracy QSAR models of narcosis toxicities of phenols based on various data partition, descriptor selection and modelling methods.RSC Advances (IF3.11). 

 

  [4] 杨晶晶,陈劲,李雨婷. 多波次导弹发射中的规划问题. 2017年全国研究生数学建模竞赛二等奖. 指导教师: 陈渊博士.