陈渊

一、个人简介

陈渊、男、1987年5月、副教授、硕士生导师、生物信息学专业、机器学习与智慧农业方向。

二、教育背景

2013/09–2016/12 湖南农业大学，生物信息学专业，博士；

2009/09–2012/07 湖南农业大学，生物信息学专业，硕士；

2005/09–2009/07 湖南农业大学，生物信息学专业，学士。

三、成果介绍

1.主持的主要科研项目：

[1] 国家自然科学基金青年项目：基于普适性关联基因的共表达网络构建(61701177)，2018/01-2020/12，主持；

[2] 湖南省自然科学基金青年项目：基于普适性关联基因的共表达网络构建（2018JJ3225），2019/01-2021/12，主持；

[3] 湖南省教育厅科，优秀青年项目：水稻产量相关的基因-基因互作筛选及共表达网络构建（21B0187），2022/01-2024/12，主持；

[4] 国家自然科学基金面上项目：基于支持向量机的稻田虫害预测方法研究(31772157)，2018/01-2021/12，参与；

[5] 国家自然科学基金青年项目：基于变量选择与训练群体优化的植物基因组选择方法研究（31701164），2018/01-2020/12，参与；

[6] 国家自然科学基金面上项目：GADD45A调控SMAD4泛素化对食管癌浸润Treg细胞分化和功能的影响及机制研究（82173083）, 2022/01-2025-12, 参与；

[7] 国家自然科学基金面上项目：茯砖茶“菌花香”化学物质基础及其形成机制研究（31871764）, 2019/01-02022/12, 参与。

2.主要论文成果:

[1]  Chen Y, Zhiming Ye, Yanfang Zhang, et al. A Deep Learning Model for Accurate Diagnosis of Infection Using Antibody Repertoires. The Journal of Immunology. 2022; 208:2675-2685. (IF: 5.426)

[2]   Cao D^#, Chen Y^#, Chen J, et al. An improved algorithm for the maximal information coefficient and its application. Royal Society Open Science, 2021, 8(2): 201424. (IF:3.653)

[3]   Ye J, Yang J, Yu J, Tan S, Luo F, Yuan Z, Chen Y. A Chi-MIC Based Adaptive Multi-Branch Decision Tree[J]. IEEE Access, 2021, 9: 78962-78972. (IF: 3.476)

[4]   Yuan Z, Xiao Y, Dai Z, Huang J, Zhang Z, Chen Y*. Modelling the effects of Wuhan’s lockdown during COVID-19, China. Bulletin of the World Health Organization, 2020, 98:484-494. (IF:13.831)

[5]   Li Y, Dai Z, Cao D, Luo F, Chen Y*, Yuan Z*. Chi-MIC-share: a new feature selection algorithm for quantitative structure-activity relationship models. RSC Advance, 2020, 10, 19852-19860. (IF: 4.036)

[6]   Wang Q, Zhang H, Liang Y, Jiang H, Tan S, Luo F, Yuan Z, Chen Y*. A novel method to efficiently highlight nonlinearly expressed genes. Frontiers in Genetics, 2020, 10: 1410. (IF: 4.772)

[7]   Zeng Y, Yuan H, Yuan Z*, Chen Yuan*. A high-performance approach for predicting donor splice sites based on short window size and imbalanced large samples[J]. Biology direct, 2019, 14(1): 6. (IF: 7.173)

[8]   袁哲明, 杨晶晶, 陈渊*. 基于最大信息系数与冗余分摊的特征选择方法[J]．计算机工程. 2020.46(8): 101-105.

[9]   袁哲明，张弘杨，陈渊*. 基于特征选择和支持向量机的HIV-1型蛋白酶剪切位点预测. 吉林大学学报(工学版), 2017,47(2):639-646. (EI).

[10]  Xing P^#, Chen Y^#, Gao J*, Yuan Z*. A fast approach to detect gene-gene synergy. Scientific Reports, 2017, 7(1). (IF: 4.99)

[11]  Chen Y, Cao D, Jun G*, Yuan Z*. Discovering Pair-wise Synergies in Microarray Data. Scientific Reports, 2016; 6: 30672. (IF: 5.23)

[12]  Chen Y, Zeng Y, Luo F*, Yuan Z*. A New Algorithm to Optimize Maximal Information Coefficient. PLoS ONE, 2016 11(6): e0157567. (IF: 3.752)

[13]  Chen Y, Wang L, Li L, Zhang H, Yuan Z*. Informative gene selection and the direct classification of tumors based on relative simplicity. BMC bioinformatics, 2016, 17(1): 1. (SCI, IF 3.307).

[14]  Chen Y, Zhou W, Wang H, Yuan Z*. Prediction of O-glycosylation sites based on multi-scale composition of amino acids and feature selection. Medical & biological engineering & computing, 2015, 53(6): 535-544. (IF: 3.079).

[15]   Xiang Y^#, Chen Y^#, Tan S, Yuan Z*. Predicting O-glycosylation Sites by Combining Three Different Types of Features. Progress in Biochemistry and Biophysics, 2016, 43(7): 1~8. (IF: 0.35)

[16]  Chen Y, Yuan Z, Zhou W, Xiong X. (2009). A novel QSAR model based on geostatistics and support vector regression. Acta Physico-Chimica Sinica, 2009, 25(8), 1587-1592. (IF: 6.253).